佛教历史上言佛教在中国遭遇的教难，共有四次，即所谓『三武一宗』之厄。而基督教在中国所遭到的教难，也有四次：第一次为一六一六年的南京教案，是由南京礼部侍郎沈涔所主动的，第二次为一六五九年的钦天监教案，是由北京钦天监杨光先所主动的，第三次则为一九○○年的义和团之役，是由刚毅毓贤等所主动的，第四次则为一九二二年的非教同盟，是由学生们主动的。前三者出发于排外恩想，演成流血惨剧，后者出发于科学思想，旨在破除迷信。兹为便于叙述起见，依时代的先后，述说于后。
查基督教自输入中国以来，所遭受的教难，固不是一六一六年才有的。一般传教士受着当地人民的排击，甚至为众殴辱或捣毁寓所，时有所闻。亦有为官厅拘捕，囚禁或驱逐出境，尤属不一而足。单从明朝讲，据曾德昭(AlvaredeSemedo)神甫的调查说：
『传教师等所经危难之多，几出人意想之外。我曾调查南京仇教以前教案之数，共有五十四案。要以传教初年发生于广东者为多。』
不过这些教案，大概属于地方事件，由于少数捕风捉影的流言而起，一经说明，即告平息。教士们原本耶稣牺牲精神，固求息事宁人，雅不欲使事端扩大，缔结恶感，虽曾受物质损失，身体痛苦，亦惟抱『犯而不校』精神，泰然处之而已。但是后来往往有因一教士之牺牲，造成国际上不良结果的，实非教会本意，乃出于政治力量的借端扩张，教会本身亦属无可如何的。不过教会既来自西方，负主持和宣传之责的，又为欧洲人士，习惯不同，种族不同，在禀有数千年特殊优越文化的中华民族眼中，自难免有杆格歧视之处。『戎狄是膺，荆舒是惩』，是中国儒者几千年来传统的态度。所以历来用文字来攻击基督教的，不一而足，最有力量的，莫如黄贞的不忍不言，破邪集，请辟天主教书，以及王朝式的罪言，钟始声的天学初征再征，虞淳熙的利夷斯天罔世，林启陆的诛夷论略，许大受的圣朝佐辟，李生光的儒教正，陈侯光的辩学刍等等。黄贞是一个儒家而信佛的，他自称为天香居士，白衣弟子，他的非教理由，以佛教为立场，他说：
『佛道至高，以摄九十六外道之法摄之，免其惑世诬民，毋以十字刑枷，置祖宗神只之上。』
他上书给他的老师颜茂猷举天主教的可患可愤者五条，请他著论辟之。在他的破邪集中，收罗了许多非教的文章，如：张广恬的证妄后说，中间有『西人诬妄先师』的话，邹维琏的辟邪管见录，中间有『祷张为幻，左道惑人』的话，还有个和尚叫普润的诛左集缘起，中间有『斩祖先之祀，乱秉彝之伦，于是集缁素之文，以诛左道』的话，因为他也收集了许多文章，编成诛左集，原欲鼓起佛**的联合阵线，向基督教进攻，所以引出许多和尚的作品，除普润自己的作品外，有：密云的辨天三说，侏宏的天说，圆悟的辩天说，通容的原道辟邪说，如纯的天学初辟等等。总他们这些文字的大意，大概以破坏中国伦常为骨干，以阴谋不轨为罪状，所以会引起许多同情的人。但是这些攻击，还不过是笔墨上的空论，不足以影响到基督教的进行，信仰或赞同基督教的，还是大有其人，像叶向高，李卓吾，李日华，池显方，沈光裕等名相学者，往往见之于诗文。叶向高赠西国诸子诗，盛称其教理的宏深，中有：
『拘儒徒管窥，达观自一视，我亦与之游，冷然得深旨。』
沈光裕听汤若望讲经，赋诗志感。又有钱路加的赠汤道未先生长诗，与赵怀王的游天主尝即事长诗，皆赞美教士的道德与教道的精微。
从反对而见之于行动的，首有一六一六年的南京仇教案。这时讵利玛窦之死，只有六年，当利氏在世之时，深得朝廷欢心，鉴于教会势力的日愈扩大，反对的人，虽怀仇恨，奈无可乘机会。至是则认为领袖既逝，教会瓦解，不难一网打尽。于是有沈涔的奏参，引起大狱。沈涔是浙江吴兴人，以礼部侍郎署南京礼部尚书之职，据说他与基督**有宿怨，这时又受了和尚的贿，决意要驱逐传教士，所以在万历四十四年五月八日及十二月连上三张奏疏，参劾教士，他的奏参标题，是说：
『远夷阑入都门，暗伤王化。』他所说的王化，就是儒教文化。从他所说的：
『职闻帝王之御世也，本儒术以定纪纲，持纪纲以明赏罚，使民日改恶劝善，而不为异物所迁焉。』就可以知道他是以儒教为立场，而加以排斥的。所举出的重要理由：一为治历问题，一为祭祖问题。他这样说：
『从来治历，必本于言天。言天者必有定体，尧典敬授人时，始于寅宾寅饯月之晦朔弦望，视日之远近，而星之东南西北，与日之短永中相应。舜典在璇玑玉衡以齐七政，解之者以天体之运有恒，而七政运行于天，有迟有速，有顺有逆，犹人君之有政事也。则未闻有七政而可各自为一天者。今彼夷立说，乃曰七政行度不同，各自为一天其为诞妄不经，惑世诬民甚矣。」
这样驳斥教士们治历之谬，还是从学识方面加以攻击，欲**朝廷对教士治历的信任。当然的，以尚书尧典舜典为根据，现在看来，是毫无学理上的价值的。至对于祭祀祖宗问题，当时很可以引起一般人的同意，因为中国几千年祭祖的习惯，认为是儒家教孝的要道，一般反对基督教的理论中，都以这点为重要理由。所以他的奏疏中有：
『臣又闻共诳惑小民，辄曰，祖宗不必祭祀今彼直劝人不祭祀祖先，是教之不孝也。
由前言之，是率天下而无君臣，由后言之，是李天下而无父子。何物丑类，造此矫诬！盖儒术之大贼，圣世所必诛，』
在他看来，这种破坏中国儒家文化的大罪状，是决不可以容忍的。但这理由是尚不足定教士之罪，所以他又举出一个莫须有的理由，说他们有图谋不轨之意，在第一疏中，还说得比较隐约，只说：『闻其广有赀财，量人而与，是以贪愚之徒，有所利而信之，此其心怀叵测』
『现今两京各省有几处屯聚，既称去中国八万里，其赀财源源而来，是何人为之津送。』
彼又引历史故事，以证天主教之施与，实为收买人心，若不早为之防，恐贻将来莫大之祸。这一层最易耸动朝廷，然而疏上之后，毫无影响。只是因为他的奏疏中有『即士君子亦有信向之者』等话，便引出徐光启的答辩，在七月间亦上了一张辨学章疏，开端即说：
『臣见邸报，南京体部参西洋陪臣庞迪我等，内言其说浸淫人心，即士君子亦有信向之者。
一云妄为星官之言，士人亦堕其云雾。曰士君子，曰士人，部臣恐根株连及，略不指名。然廷臣之中，信向之者臣也，与言星官者臣也，诸陪臣果应得罪，臣岂敢幸部臣之不言以苟免乎！』
他这样勇敢地承认自己是基督教信徒，并且证明这些教士，都是有德有学的人，他们到中国来无非是劝人为善，绝无阴谋。进一层说到他们所传之道，不但高出佛道二教，而且与儒教道德相符合，希望朝廷能本容纳佛回之例，容纳他们。末则举试验之法三，处置之法三，以断其是非。所谓试验之法：一将该教经典译出，是否是邪说左道？二召集有名僧道，互相辩驳，定其是非。三将该教已译诸书及其教中大意，略述成书，以供参证。所谓处置之法：一供其费用，不必收取外国捐款。二合本地人士联保具结，以察其有无不端行为。三调查信教者有无过犯。这张奏章，得到御批『知道了』三字，把沈涔的奏章搁了起来。但是沈涔怎肯从此干休，一方面他便逮捕信教的华人，一方面又上第二疏，再从『阴谋不轨』的一层，说得格外恳切。说道：
『裔夷窥伺，潜住两京，则国家之隐忧当杜也。』
所举理由：一日．『丰肃神奸，公然潜住正阳门里，洪武冈之西，起盖无梁殿。』二曰：『城内住房既据洪武冈王地，而城外又有花园一所，正在孝陵卫之前，狡夷伏藏于此，意欲何为？」三曰：『从其教者，每人与银三两，尽写其家人口生年月日，云有咒术，径有呼召，不约而至。』四曰：『每月日朔望外，又有房虚星昂四日为会期，每会少则五十人，多则二百人二尤有一要点，说：『七月初才有邸报，而彼夷即于七月初旬具揭，及二十一日已有番书订寄揭稿在王丰肃处矣。横弄线索于其间，神速若此，又将何为乎？』这明明把反叛的罪名，加在教士身上，所以说『一朝窃发，患岂及图。』请求朝廷，速即处分。一面他已迫不及待，逮捕了十三人，说：『同居徒众，妾称天主教，煽惑人民，现在本所搜获者，十三名，一面行提鞫审。」疏上之后，仍无影响，故又于十二月上第三疏，重申第二疏中的意义，说『伏戎于莽，为患叵测，』且以闻诸闽海士民之言，说他们曾借天主教名义，袭夺吕宋国土为证，一面陈说已捕钟呜礼等的审询情形。当时万历王帝虽不相信他的话，但经不起那些仇教人的一再陈诉，结果，便有放逐教士出国的明谕，时王丰肃(后改名为高一志)与谢务禄(Semedo)后改名为曾德昭)虽明知其事，并不害怕逃避，仍旧守在居宅之中，等待吏役的来临。果然吏役来了，把持他们的门，清查他们的财产，将他们逮捕。只因谢务禄正在患痛，所以把他关闭在一间房中，单将王丰肃舁至沈涔地方，囚诸狱中，后来经过几次鞠讯，受着许多痛苦。据王氏后来自述，当审讯之时，『有足踢者，有拳击者，有批颊者，其势之来，有同暴风雨，有椎击者，近类波浪，有唾吾人之面者，有拔吾人之毛发者，挫辱至甚，未能毕书。』并且受杖，惟谢氏因病得免杖责。最后把他们押解出境，房屋器具书籍，均被没收。我们一读当时南京礼部会审记录，可以见得当时两教士的受苦情形。
这一段记录，正可以当作王丰肃教士传教的历史看，继着又记审讯谢务禄情形。将他们移解到都察院，有『转行巡城衙门，遵旨速差员役，递送至广东巡抚衙门，督令西归。』这是万历四十五年二月里的事。再从其移都察院咨文里，又可以看见二种情形，第一，他们所认为王丰肃的罪状，大旨与沈涔参奏中相同，说：
『丰肃数年以来，深居简出，寡交游，未足启人之疑。迩来则大谬不然，私置花园于孝陵卫，广集徒众于洪武冈迫人尽去家堂之神，令人惟悬天主之像)其次，则见得当时参奏的人，固不仅沈涔一人，但是延旨却迟迟不下，其言曰：『今又有倡为天主教，若北有庞迪我等，南有王丰肃等，其似附于儒，其说实异乎正。以故南北礼卿参之，北科道参之，而南卿寺等巡视等衙门，各有论疏也，今一概留中而不下南礼臣特疏参之而不报，南府都台省合疏参之而不报，北科道诸臣暨本部参之亦不报，故南科臣晏文辉又有速赐处分之请也。』
直至『万历四十四年十二月初十日本部署部事左侍朗兼翰林院侍续学士何宗彦等具题，二十八日奉圣旨：「这奏内远夷王丰肃等，立教惑众，蓄谋叵测，尔部移咨南京礼部行文，各该衙门速差员役递送广东抚按，督令西归以静地方。其庞迪我等，去岁尔等各言晓知历法，请与各官堆演七政，且系向化来京，亦令归还本国。」』
递送教士出国的朝旨下来以后，沈涔等仇教派便占了上风。在华西教士与中国信徒，大有风声鹤唳，到处荆棘的情形。西教士中，有些被解到澳门，有些避匿在内地教友家中，教会财产，都被没收，传教工作，不能公开活动。王丰肃曾述他当时递解的痛苦：
『将我辈囚置于一狭小之木笼中，项手带链，发长，衣服不整，视我辈为外来蛮夷。一六一七年四月三十日如是囚置，从狱中提至法堂，加贴封条，三桌前导，上陈上谕，禁止一切华人与我辈交通，如是离南京，囚处木笼三十日，抵于广东省之第一城，数日后抵澳门。书籍仪器之具皆被没收，教堂居宅皆被拆毁，而以材料供其他建筑之用。』
先是中国信徒的被捕审讯，备受痛苦的，从南宫署牍中看见有会审钟鸣礼与钟鸣仁两案。钟鸣仁号叫念江，钟鸣礼号叫若翰，是同胞兄弟，父亲名叫念山，广东新会人，父子同在澳门进教。鸣仁跟随利玛窦进入内地，充翻译之职，在韶州曾遭官厅逮捕，并驱逐出境。后在杭州又遭士人告发，杖而囚禁，赖利氏营救得释。遂随利氏至北京，以其传布福音之故又遭禁锢。一六一五年在南京被捕，几次审讯，受种种苦刑与悔辱，经刑部定罪，罚往关外为奴。据说当时有一康姓基督徒名MatthienGham的，愿意代他出关受罪，卒因朝中一新入教的大官援救，乃得免罪。钟呜仁后在一六二二年病死于杭州。在礼部审查的供词中有：
『己亥年随利玛窦进贡，在北京七八年，方来南京住三年，又往浙江一年。旧岁五月间，仍来天主堂中，为王丰肃招引徒众。若妇人从教者，不便登堂，令仁竟诣本家，与妇淋水宣咒，大约淋过妇女十五六名。』从此见得他也受传教之职，可以为妇女们施洗。他的兄弟钟鸣礼，自入教后，即在澳门教会中服务，后来也跟着西教士进入内地。当其兄跟利氏到北京去的时候，他便留居在南昌。一六○五年从王丰肃于南京。一六一○年利氏去世，便与其兄会葬北京，葬事既毕，仍回南京，帮助传教事务，为有志入教的人，讲解教义。曾往杭州与郭居静会谈，得知王谢二教士与兄俱被拘捕，即回南京，见天主堂已封，即往访教友王甫余成元，知王甫亦已被捕，只余成元在家，见张采持着北京寄来揭帖一封，即雇得刻字匠潘明潘华等刻印，将编送各机关，以图解救被拘的人。方在装订之时，即遭拘捕。两次受杖，囚入狱中，后经沈涔提讯，又遭毒打，受创甚重。后罚在南京执掌船役，经同教人醵金赎他出来，但他的身体已经残废了。当他被捕时，曾说：『平日受天主大恩，无以报答，今日就拿也不怕』可见他的牺牲精神。
在沈涔的第二奏疏中，说『搜获者十三人』，但在这两案审讯的记录，钟鸣礼案则有八人，钟鸣仁案则成年十一人幼童五人。可见当时逮捕的人，必不止仅仅审讯案中的十余人，其中有非基督徒而牵连在内的。这些被捕的人中，都能守道不变，忍受痛苦。结果，有定罪而流徙的，也有被释的，本来照明朝法律，左道惑众，为首的要处绞刑，从犯须杖一百，流三千里。他们以为这班**，不单是有上述的罪状，又加以勾结夷人，通敌嫌疑，都应当处以死罪。但他们还以为是法外施仁，从轻发落，没有一个判死刑。据SemedoHistoire里，记着当时基督徒在教难中的精神，并有若**难的人，他这样地记着：
『当此时间，诸**之表示，皆无愧于其神甫，无谋自救或轻其缧绁而自办无罪者。有数人且欣然受拷讯，惟愿为信仰而受苦刑，惟恐不能殉教而死中有二人被庾死。一名PierreHia，南京人，年二十二岁，入教已五年，德行素著。是为宗教而死于狱中之第一人。次名GuillaumeVem，已婚，服役于神甫所，死时较后。又有一**名姚如望，好学深思，曾制四旗，上书其姓名籍贯职业，以一旗插头上，被捕后，口称愿为天主死。尚有军官二人：一名JgnaceTsen,一名LucTchang;铁工一人，名AnereHiang;教授诸神甫华语者一人，名PhilippeSin其人因此被夺功名。』(三一八至三二三页)
可惜这里所记的几个人，没有中文姓名，只有姚如望与上表中所有姚如望，或者说是一个人。关于这一次教难的材料，虽不十分充分，但是这次对教会的**，我们可以由此知道相当的利害，教会便因此而陷于停顿了。