佛教歷史上言佛教在中國遭遇的教難，共有四次，即所謂『三武一宗』之厄。而基督教在中國所遭到的教難，也有四次︰第一次為一六一六年的南京教案，是由南京禮部侍郎沈涔所主動的，第二次為一六五九年的欽天監教案，是由北京欽天監楊光先所主動的，第三次則為一九○○年的義和團之役，是由剛毅毓賢等所主動的，第四次則為一九二二年的非教同盟，是由學生們主動的。前三者出發于排外恩想，演成流血慘劇，後者出發于科學思想，旨在破除迷信。茲為便于敘述起見，依時代的先後，述說于後。
查基督教自輸入中國以來，所遭受的教難，固不是一六一六年才有的。一般傳教士受著當地人民的排擊，甚至為眾毆辱或搗毀寓所，時有所聞。亦有為官廳拘捕，囚禁或驅逐出境，尤屬不一而足。單從明朝講，據曾德昭(AlvaredeSemedo)神甫的調查說︰
『傳教師等所經危難之多，幾出人意想之外。我曾調查南京仇教以前教案之數，共有五十四案。要以傳教初年發生于廣東者為多。』
不過這些教案，大概屬于地方事件，由于少數捕風捉影的流言而起，一經說明，即告平息。教士們原本耶穌犧牲精神，固求息事寧人，雅不欲使事端擴大，締結惡感，雖曾受物質損失，身體痛苦，亦惟抱『犯而不校』精神，泰然處之而已。但是後來往往有因一教士之犧牲，造成國際上不良結果的，實非教會本意，乃出于政治力量的借端擴張，教會本身亦屬無可如何的。不過教會既來自西方，負主持和宣傳之責的，又為歐洲人士，習慣不同，種族不同，在稟有數千年特殊優越文化的中華民族眼中，自難免有桿格歧視之處。『戎狄是膺，荊舒是懲』，是中國儒者幾千年來傳統的態度。所以歷來用文字來攻擊基督教的，不一而足，最有力量的，莫如黃貞的不忍不言，破邪集，請闢天主教書，以及王朝式的罪言，鐘始聲的天學初征再征，虞淳熙的利夷斯天罔世，林啟陸的誅夷論略，許大受的聖朝佐闢，李生光的儒教正，陳侯光的辯學芻等等。黃貞是一個儒家而信佛的，他自稱為天香居士，白衣弟子，他的非教理由，以佛教為立場，他說︰
『佛道至高，以攝九十六外道之法攝之，免其惑世誣民，毋以十字刑枷，置祖宗神只之上。』
他上書給他的老師顏茂猷舉天主教的可患可憤者五條，請他著論闢之。在他的破邪集中，收羅了許多非教的文章，如︰張廣恬的證妄後說，中間有『西人誣妄先師』的話，鄒維璉的闢邪管見錄，中間有『禱張為幻，左道惑人』的話，還有個和尚叫普潤的誅左集緣起，中間有『斬祖先之祀，亂秉彝之倫，于是集緇素之文，以誅左道』的話，因為他也收集了許多文章，編成誅左集，原欲鼓起佛**的聯合陣線，向基督教進攻，所以引出許多和尚的作品，除普潤自己的作品外，有︰密雲的辨天三說，侏宏的天說，圓悟的辯天說，通容的原道闢邪說，如純的天學初闢等等。總他們這些文字的大意，大概以破壞中國倫常為骨干，以陰謀不軌為罪狀，所以會引起許多同情的人。但是這些攻擊，還不過是筆墨上的空論，不足以影響到基督教的進行，信仰或贊同基督教的，還是大有其人，像葉向高，李卓吾，李日華，池顯方，沈光裕等名相學者，往往見之于詩文。葉向高贈西國諸子詩，盛稱其教理的宏深，中有︰
『拘儒徒管窺，達觀自一視，我亦與之游，冷然得深旨。』
沈光裕听湯若望講經，賦詩志感。又有錢路加的贈湯道未先生長詩，與趙懷王的游天主嘗即事長詩，皆贊美教士的道德與教道的精微。
從反對而見之于行動的，首有一六一六年的南京仇教案。這時詎利瑪竇之死，只有六年，當利氏在世之時，深得朝廷歡心，鑒于教會勢力的日愈擴大，反對的人，雖懷仇恨，奈無可乘機會。至是則認為領袖既逝，教會瓦解，不難一網打盡。于是有沈涔的奏參，引起大獄。沈涔是浙江吳興人，以禮部侍郎署南京禮部尚書之職，據說他與基督**有宿怨，這時又受了和尚的賄，決意要驅逐傳教士，所以在萬歷四十四年五月八日及十二月連上三張奏疏，參劾教士，他的奏參標題，是說︰
『遠夷闌入都門，暗傷王化。』他所說的王化，就是儒教文化。從他所說的︰
『職聞帝王之御世也，本儒術以定紀綱，持紀綱以明賞罰，使民日改惡勸善，而不為異物所遷焉。』就可以知道他是以儒教為立場，而加以排斥的。所舉出的重要理由︰一為治歷問題，一為祭祖問題。他這樣說︰
『從來治歷，必本于言天。言天者必有定體，堯典敬授人時，始于寅賓寅餞月之晦朔弦望，視日之遠近，而星之東南西北，與日之短永中相應。舜典在璇璣玉衡以齊七政，解之者以天體之運有恆，而七政運行于天，有遲有速，有順有逆，猶人君之有政事也。則未聞有七政而可各自為一天者。今彼夷立說，乃曰七政行度不同，各自為一天其為誕妄不經，惑世誣民甚矣。」
這樣駁斥教士們治歷之謬，還是從學識方面加以攻擊，欲**朝廷對教士治歷的信任。當然的，以尚書堯典舜典為根據，現在看來，是毫無學理上的價值的。至對于祭祀祖宗問題，當時很可以引起一般人的同意，因為中國幾千年祭祖的習慣，認為是儒家教孝的要道，一般反對基督教的理論中，都以這點為重要理由。所以他的奏疏中有︰
『臣又聞共誑惑小民，輒曰，祖宗不必祭祀今彼直勸人不祭祀祖先，是教之不孝也。
由前言之，是率天下而無君臣，由後言之，是李天下而無父子。何物丑類，造此矯誣！蓋儒術之大賊，聖世所必誅，』
在他看來，這種破壞中國儒家文化的大罪狀，是決不可以容忍的。但這理由是尚不足定教士之罪，所以他又舉出一個莫須有的理由，說他們有圖謀不軌之意，在第一疏中，還說得比較隱約，只說︰『聞其廣有貲財，量人而與，是以貪愚之徒，有所利而信之，此其心懷叵測』
『現今兩京各省有幾處屯聚，既稱去中國八萬里，其貲財源源而來，是何人為之津送。』
彼又引歷史故事，以證天主教之施與，實為收買人心，若不早為之防，恐貽將來莫大之禍。這一層最易聳動朝廷，然而疏上之後，毫無影響。只是因為他的奏疏中有『即士君子亦有信向之者』等話，便引出徐光啟的答辯，在七月間亦上了一張辨學章疏，開端即說︰
『臣見邸報，南京體部參西洋陪臣龐迪我等，內言其說浸淫人心，即士君子亦有信向之者。
一雲妄為星官之言，士人亦墮其雲霧。曰士君子，曰士人，部臣恐根株連及，略不指名。然廷臣之中，信向之者臣也，與言星官者臣也，諸陪臣果應得罪，臣豈敢幸部臣之不言以苟免乎！』
他這樣勇敢地承認自己是基督教信徒，並且證明這些教士，都是有德有學的人，他們到中國來無非是勸人為善，絕無陰謀。進一層說到他們所傳之道，不但高出佛道二教，而且與儒教道德相符合，希望朝廷能本容納佛回之例，容納他們。末則舉試驗之法三，處置之法三，以斷其是非。所謂試驗之法︰一將該教經典譯出，是否是邪說左道？二召集有名僧道，互相辯駁，定其是非。三將該教已譯諸書及其教中大意，略述成書，以供參證。所謂處置之法︰一供其費用，不必收取外國捐款。二合本地人士聯保具結，以察其有無不端行為。三調查信教者有無過犯。這張奏章，得到御批『知道了』三字，把沈涔的奏章擱了起來。但是沈涔怎肯從此干休，一方面他便逮捕信教的華人，一方面又上第二疏，再從『陰謀不軌』的一層，說得格外懇切。說道︰
『裔夷窺伺，潛住兩京，則國家之隱憂當杜也。』
所舉理由︰一日．『豐肅神奸，公然潛住正陽門里，洪武岡之西，起蓋無梁殿。』二曰︰『城內住房既據洪武岡王地，而城外又有花園一所，正在孝陵衛之前，狡夷伏藏于此，意欲何為？」三曰︰『從其教者，每人與銀三兩，盡寫其家人口生年月日，雲有咒術，徑有呼召，不約而至。』四曰︰『每月日朔望外，又有房虛星昂四日為會期，每會少則五十人，多則二百人二尤有一要點，說︰『七月初才有邸報，而彼夷即于七月初旬具揭，及二十一日已有番書訂寄揭稿在王豐肅處矣。橫弄線索于其間，神速若此，又將何為乎？』這明明把反叛的罪名，加在教士身上，所以說『一朝竊發，患豈及圖。』請求朝廷，速即處分。一面他已迫不及待，逮捕了十三人，說︰『同居徒眾，妾稱天主教，煽惑人民，現在本所搜獲者，十三名，一面行提鞫審。」疏上之後，仍無影響，故又于十二月上第三疏，重申第二疏中的意義，說『伏戎于莽，為患叵測，』且以聞諸閩海士民之言，說他們曾借天主教名義，襲奪呂宋國土為證，一面陳說已捕鐘嗚禮等的審詢情形。當時萬歷王帝雖不相信他的話，但經不起那些仇教人的一再陳訴，結果，便有放逐教士出國的明諭，時王豐肅(後改名為高一志)與謝務祿(Semedo)後改名為曾德昭)雖明知其事，並不害怕逃避，仍舊守在居宅之中，等待吏役的來臨。果然吏役來了，把持他們的門，清查他們的財產，將他們逮捕。只因謝務祿正在患痛，所以把他關閉在一間房中，單將王豐肅舁至沈涔地方，囚諸獄中，後來經過幾次鞠訊，受著許多痛苦。據王氏後來自述，當審訊之時，『有足踢者，有拳擊者，有批頰者，其勢之來，有同暴風雨，有椎擊者，近類波浪，有唾吾人之面者，有拔吾人之毛發者，挫辱至甚，未能畢書。』並且受杖，惟謝氏因病得免杖責。最後把他們押解出境，房屋器具書籍，均被沒收。我們一讀當時南京禮部會審記錄，可以見得當時兩教士的受苦情形。
這一段記錄，正可以當作王豐肅教士傳教的歷史看，繼著又記審訊謝務祿情形。將他們移解到都察院，有『轉行巡城衙門，遵旨速差員役，遞送至廣東巡撫衙門，督令西歸。』這是萬歷四十五年二月里的事。再從其移都察院咨文里，又可以看見二種情形，第一，他們所認為王豐肅的罪狀，大旨與沈涔參奏中相同，說︰
『豐肅數年以來，深居簡出，寡交游，未足啟人之疑。邇來則大謬不然，私置花園于孝陵衛，廣集徒眾于洪武岡迫人盡去家堂之神，令人惟懸天主之像)其次，則見得當時參奏的人，固不僅沈涔一人，但是延旨卻遲遲不下，其言曰︰『今又有倡為天主教，若北有龐迪我等，南有王豐肅等，其似附于儒，其說實異乎正。以故南北禮卿參之，北科道參之，而南卿寺等巡視等衙門，各有論疏也，今一概留中而不下南禮臣特疏參之而不報，南府都台省合疏參之而不報，北科道諸臣暨本部參之亦不報，故南科臣晏文輝又有速賜處分之請也。』
直至『萬歷四十四年十二月初十日本部署部事左侍朗兼翰林院侍續學士何宗彥等具題，二十八日奉聖旨︰「這奏內遠夷王豐肅等，立教惑眾，蓄謀叵測，爾部移咨南京禮部行文，各該衙門速差員役遞送廣東撫按，督令西歸以靜地方。其龐迪我等，去歲爾等各言曉知歷法，請與各官堆演七政，且系向化來京，亦令歸還本國。」』
遞送教士出國的朝旨下來以後，沈涔等仇教派便佔了上風。在華西教士與中國信徒，大有風聲鶴唳，到處荊棘的情形。西教士中，有些被解到澳門，有些避匿在內地教友家中，教會財產，都被沒收，傳教工作，不能公開活動。王豐肅曾述他當時遞解的痛苦︰
『將我輩囚置于一狹小之木籠中，項手帶鏈，發長，衣服不整，視我輩為外來蠻夷。一六一七年四月三十日如是囚置，從獄中提至法堂，加貼封條，三桌前導，上陳上諭，禁止一切華人與我輩交通，如是離南京，囚處木籠三十日，抵于廣東省之第一城，數日後抵澳門。書籍儀器之具皆被沒收，教堂居宅皆被拆毀，而以材料供其他建築之用。』
先是中國信徒的被捕審訊，備受痛苦的，從南宮署牘中看見有會審鐘鳴禮與鐘鳴仁兩案。鐘鳴仁號叫念江，鐘鳴禮號叫若翰，是同胞兄弟，父親名叫念山，廣東新會人，父子同在澳門進教。鳴仁跟隨利瑪竇進入內地，充翻譯之職，在韶州曾遭官廳逮捕，並驅逐出境。後在杭州又遭士人告發，杖而囚禁，賴利氏營救得釋。遂隨利氏至北京，以其傳布福音之故又遭禁錮。一六一五年在南京被捕，幾次審訊，受種種苦刑與悔辱，經刑部定罪，罰往關外為奴。據說當時有一康姓基督徒名MatthienGham的，願意代他出關受罪，卒因朝中一新入教的大官援救，乃得免罪。鐘嗚仁後在一六二二年病死于杭州。在禮部審查的供詞中有︰
『己亥年隨利瑪竇進貢，在北京七八年，方來南京住三年，又往浙江一年。舊歲五月間，仍來天主堂中，為王豐肅招引徒眾。若婦人從教者，不便登堂，令仁竟詣本家，與婦淋水宣咒，大約淋過婦女十五六名。』從此見得他也受傳教之職，可以為婦女們施洗。他的兄弟鐘鳴禮，自入教後，即在澳門教會中服務，後來也跟著西教士進入內地。當其兄跟利氏到北京去的時候，他便留居在南昌。一六○五年從王豐肅于南京。一六一○年利氏去世，便與其兄會葬北京，葬事既畢，仍回南京，幫助傳教事務，為有志入教的人，講解教義。曾往杭州與郭居靜會談，得知王謝二教士與兄俱被拘捕，即回南京，見天主堂已封，即往訪教友王甫余成元，知王甫亦已被捕，只余成元在家，見張采持著北京寄來揭帖一封，即雇得刻字匠潘明潘華等刻印，將編送各機關，以圖解救被拘的人。方在裝訂之時，即遭拘捕。兩次受杖，囚入獄中，後經沈涔提訊，又遭毒打，受創甚重。後罰在南京執掌船役，經同教人醵金贖他出來，但他的身體已經殘廢了。當他被捕時，曾說︰『平日受天主大恩，無以報答，今日就拿也不怕』可見他的犧牲精神。
在沈涔的第二奏疏中，說『搜獲者十三人』，但在這兩案審訊的記錄，鐘鳴禮案則有八人，鐘鳴仁案則成年十一人幼童五人。可見當時逮捕的人，必不止僅僅審訊案中的十余人，其中有非基督徒而牽連在內的。這些被捕的人中，都能守道不變，忍受痛苦。結果，有定罪而流徙的，也有被釋的，本來照明朝法律，左道惑眾，為首的要處絞刑，從犯須杖一百，流三千里。他們以為這班**，不單是有上述的罪狀，又加以勾結夷人，通敵嫌疑，都應當處以死罪。但他們還以為是法外施仁，從輕發落，沒有一個判死刑。據SemedoHistoire里，記著當時基督徒在教難中的精神，並有若**難的人，他這樣地記著︰
『當此時間，諸**之表示，皆無愧于其神甫，無謀自救或輕其縲紲而自辦無罪者。有數人且欣然受拷訊，惟願為信仰而受苦刑，惟恐不能殉教而死中有二人被庾死。一名PierreHia，南京人，年二十二歲，入教已五年，德行素著。是為宗教而死于獄中之第一人。次名GuillaumeVem，已婚，服役于神甫所，死時較後。又有一**名姚如望，好學深思，曾制四旗，上書其姓名籍貫職業，以一旗插頭上，被捕後，口稱願為天主死。尚有軍官二人︰一名JgnaceTsen,一名LucTchang;鐵工一人，名AnereHiang;教授諸神甫華語者一人，名PhilippeSin其人因此被奪功名。』(三一八至三二三頁)
可惜這里所記的幾個人，沒有中文姓名，只有姚如望與上表中所有姚如望，或者說是一個人。關于這一次教難的材料，雖不十分充分，但是這次對教會的**，我們可以由此知道相當的利害，教會便因此而陷于停頓了。