教会在地上的时候，难免有各种的难处，因为有肉体世界和撒但的存在、环绕和攻击，必定有错误、偏离和逼迫发生。圣经记载当时有，也预言将来仍要有，在末后将更为严重。作为神的工人和关心神家的一切属主的人，都当加以重视，为之所祷，并努力避免和排除。这关系到神的荣耀，教会的存在和信徒的祝福。论到这类问题，常有不同的意见引起激烈的争辩，然而避讳不说，也是对主不忠心，对人没有爱心，对教会不负责任的表示。
一、分门别类
真正属灵的教会应当是合一的，然而在使徒时代就出现了分门别类的事，在哥林多的教会就有人说，“我是属保罗的，我是属亚波罗的，我是属矶法的，我是属基督的”(林前一12)。这是以神的工人，特别有名望的传道人而分的，这也是后来历代教会所常因之分门别类的原因。世上现有的宗派就有喀尔文宗、路得宗和卫斯理宗等，其实亚波罗算什么?保罗算什么?无非是执事。保罗栽种，亚波罗浇灌，惟有神叫他们生长(林前三5-6)。就是神所重用的仆人摩西和以利亚也不必为他们搭一座棚来和基督并列(太十七4)。有人说，我是属基督的，听起来似乎是很好，但是若以此来标榜，而自呜清高，并用以与别的肢体**，将自己置于别人之上的话，那就不对了。
此外，教会分门别类还有各种不同的原因和形式，以致今天世界竟有大小宗派上千种之多。一般说来，各大宗派都有它区分的名称，不同的组织、固定的信条、一律的规章、特殊的仪节、限制的聚会和因袭的传统。有些较小的宗派，虽然没有那么严格和规模，也都有各自的门户、工人的中心、标新的作风、一致的行为。有的虽不自称为特树一帜的宗派，但实际上形成了没有宗派名称的宗派，满有宗派的气氛、高抬自己、排斥他人、自以为正确，与别的肢体隔绝。也有拆散别的教会，拉人到自己范围内。甚至将所有别的工人、教会、团体都加以攻击、批评、定罪，夸耀唯独自己是正统、先进、权威，也有的以为自己得了特别启示、亮光、异象、托付，比别人高出一等，不来归附我的，就是瞎眼、谬妄、当作路人、仇敌。(可九40)
这是不是说，既然不应该分门别类，树立宗派。就应该与所有称为基督教和基督徒的人都彼此合一，互相交通，毫无界限，不加分别呢?也不是的。我们应该有够大的心，包括所有神儿女。接纳和交通的条件，应该以生命为原则，而不是以看法、主张和“亮光”为依据，只能以重要真理和基本的信仰为合一的基础，而不能特别的教训，圣经的解释为**原因。应当以保罗在以弗所提到的七项共同点，为教会合一的根据。那就是:身体只有一体，圣灵只有一个，同有一个蒙召的指望，一主、一信、一洗、一神(弗四3-6)。这七项缺一不可，再加上一样也不行。这七项是教会基本的信仰，共同维系，包括所有神真正的儿女。但却将没有重生的假信徒排斥在外。因为他们不属于基督的身体，没圣灵居住在内(罗八9)。没有属天的盼望(彼前一3-4)。我们同一位神，一位主(林前八5-6，十二4-6)，有同样的信仰，奉主的名受洗。
分门别类不是一件小事(多三10)。敬畏神的人要竭力避免，应当竭力保守圣灵所赐合而为一的心(弗四3)。这是主升天前，也是现今在天上的愿望和代求(约十七22-23)。
二、异端邪说
圣经中早就记载有异端邪说，也预言到将来要有异端邪说来抵挡真道，破坏纯正的信仰。当主耶稣在世时，有法利赛人注重外表仪式和遗传条规；撒都该人不信复活和鬼魂；希律一党的人注重权位，参予政事。主耶稣警告门徒要防备他们的酵，即他们的教训(太十五1、6，十六5、12，廿二16、23；可八15；路十二1；徒廿二8)。这种酵现代何尝没有(提后二17-18，三8-9)。此外，各种理学、人间遗传、世上小学、许多规条(西二8、21-23)。以及欺骗法术，异教之风(弗四14)。虚空、荒谬言语(多一10-15；提前一3-4)，还有许多怪异的教训(提前六3)。现在也都存在。
圣灵明说，在后来的时候，必有人离弃真道，听从那引诱人的邪灵和鬼魔的道理，他们禁止嫁娶，又禁戒食物(或作又叫戒荤)就是神所造叫那信而明白真道的人，感谢着领受的(提前四1)。“因为时候要到，人必厌烦纯正的道理，耳朵发痒，就随从自己情欲，增添好些师傅。并且掩耳不听真道，偏向荒谬的言语(提后四3-4)。”彼得也说，“从前在百姓中有假先知，将来在你们中间，也必有假师传，私自引进陷害人的异端，连买他们的主，他们也不承认，自取速速灭亡(彼后二1)”。
根据教会历史记载，异端谬论是很多的，最初有关于基督的神人两性和三位一体方面的错谬讲法。有认为基督并没有真的成为肉身，只不过是一种幻影(约壹四1-5)。有的认为物质是包含恶的，肉体带着罪性。基督成为肉体，也有恶的性质，也有持二元论观点和智慧派的看法。将基督的神人二性完全分开，以基督有两重性格。有的认为基督是受造的，耶稣在受洗以后，因圣灵降在身上，才成为基督，取得超人的能力。有“独位神派”“圣父受苦派”等。当时为了维护正统信仰，捍卫真理，提出了使徒信经:“我信神全能的父，创造天地的主，我信我主耶稣基督，神的独生子，因圣灵怀孕，由童贞女马利亚所生，在本丢彼拉多手下被钉十字架，受死，埋葬，降在阴间，第三天从死里复活，升天，坐在全能父神的右边，将来从那里降临，审判活人死人，我信圣灵；我信圣而公的教会，我信圣徒相通，我信罪得赦免，我信身体复活，我信永生。阿门!”
此外，历代还有各种异端谬论，而近代异端也更为繁多和盛行，除了重复初期的异端和罗马天主教的错谬(如教皇无误，拜玛利亚，向神甫认罪，炼狱赎罪，和种种迷信事物)之外，还有许多新的教派和错谬。如“复临安息派”、“耶和华见证人”、“基督教科学会”、以及“新神学派”等。这些异端谬论害人很深，是教会的大患。
判断异端谬论，应完全根据圣经。只有圣经是神的话，有绝对的权威，永不改变，永不废去。凡不合圣经真理的，都是错谬，违反圣经基本信仰的，都是异端。如对于神的三位一体，基督的神人二性，基督宝血的救赎，因信称义得救的道理，以及关于基督再来，复活，审判，永世的真实和其他圣经明显重要的真理。至于对圣经某些地方不同的解释，对于教会的仪式有些不同的看法，对于个人的行为有些不同的评价，都不足定为异端。
那些散布异端的人，必不能承受神的国(加五20-21)。
三、邪灵假冒
有的异端邪说，是出于人的错误，偏见和野心，但也有的是出于邪灵的迷惑和欺骗。保罗在哥林多后书就指出，“我只怕你们的心或偏于邪，失去那基督所存纯一清洁的心，就象蛇用诡诈诱惑了夏娃一样。假如有人来，另传一个耶稣，不是我们所传过的，或者你们另受一个灵，不是你们所受过的，或者另得一个福音，不是你们所得过的那等人是假使徒，行事诡诈，装作基督使徒的模样，这也不足为怪，因为连撒但也装作光明的天使。”(林后十一3-4、13-14)“这里给我们看见信徒是另受一个灵的危险，因为撒但也能装作光明的天使。在末后的时候，必有人离弃真理，听从那引诱人的邪灵和鬼魔的道理。”(提前四1)
保罗对帖撒罗尼迦教会也说:“我劝你们，无论有灵，有言语,有冒我名的书信，说主的日子现在到了，不要轻易动心，也不要惊慌。”(帖后二2)约翰也说:“一切的灵，你们不可都信，总要试验那些灵是出于神的不是，因为世上有许多假先知已经出来了，凡灵认识耶稣是成了肉身来的，就是出于神。从此可以认出神的灵来。凡灵不认识耶稣，就不是出于神，这是那敌基督者的灵我们是属神的，认识神的就听从我们，不属神的就不听从我们。从此就可以认出真理的灵和谬妄的灵来。”(约壹四1-6)“听从使徒的，符合真理的才是出于神。因为圣灵是真理的灵。”(约十六13)凡与圣经，神的话不合的，无论讲得多么高深，玄奥，都不可信，因为有的深奥之理是出于撒但的。(启二24)
旧约时代就有假先知与污秽的灵，用假预言，做梦，和异象欺骗人(亚十三2-4；耶十四14-15，廿三16、25-32；结十三3-9)。就是他们能神迹和奇事，也不可跟从。(申十三1，十八20)因为假基督，假先知，能行神迹奇事。(太廿四24)将来不法的人来是照撒但的运动，行各样的异能神迹和一切虚假的奇事(帖后二9)。能医病，赶鬼，行异能，也不都是主所认可的。(太七22-23)所以追求异象，异梦，神迹奇事，以及其也超然的现象都有受欺骗和迷惑的危险，应当非常谨慎和儆醒祷告。尤其是在末世的时候(可十四38；彼前四7)，撒但知道自己的时候不多要猖狂的活动(启十二12)。鬼也知道他们进无底坑的时候到了(太八29；路八31)，也纷纷的出现搅扰。近时世界各处，交鬼、占卜、巫术等非常活跃。有的公开进行欺骗迷人的表演，甚至有称为撒但会的公然敬拜魔鬼，与阴魂交往，显示隐密，预告未来之事，真如启示录所说的巴比伦大城一样，“成了鬼魔的住处，和各样污秽之灵的巢穴”(启十八2)。
四、嫉妒纷争
对哥林多教会，保罗就责备他们有妒忌纷争，这是灵命幼稚，属肉体，照世人样子行的表现。有的是派别之争，也有的是道理之争，这等人似乎很热心为真理争论，其实这不是为那从前一次交付圣徒的真理争论(犹3)，乃是为着一些名目、言词、家谱、律法等种种问题，但并非是为基本要道和信仰争辩。圣经对此有很严厉的警告和禁止。
保罗在提摩太书上说，“若有人传异教，不服从我们主耶稣基督纯正的话与那合乎敬虔的道理，他是自高自大，一无所知，专好问难，争辩言词，从此就生出嫉妒、纷争、毁谤、妄疑、并坏了心术，失丧真理之人的争竞，他们以敬虔为得利的门路”。“提摩太啊!你要保守所托付你的，躲避世俗的虚谈和那敌真道似是而非的学问，已经有人自称有这学问，就偏离了真道”(提前六3-5、20-21)。又说“你要使众人回想这些事，在主面前嘱咐他们不可为言词争辩，这是没有益处的，只败坏听见的人。”“那愚拙无学问的辩论，总要弃绝，因为知道这等事是起争论的，然而主的仆人不可争竞”(提后二14、16、23-24)。保罗在提多书上说，“要远避无知的辩论和家谱的空谈，以及纷争，并因律法而起的争竞，因为这些都是虚妄无益的”(多三9)“所以，圣经再三教训我们不可作无益的争辩”(腓二4；提前二8；林后十二20)。
纷争多半是出于嫉妒，约瑟的弟兄们嫉妒他(创卅七4、11；徒七9)。由于看到别人比自己强，比自己有名望地位，受到尊敬而发出嫉妒，大坍、亚比兰嫉妒摩西(民十六1；诗一零六16)，扫罗嫉妒大卫(撒上十八7-9)，嫉妒常是出于骄傲。耶稣的门徒曾争论谁为大(路廿二24)，嫉妒是教会中常有的事(腓一15)，也是最坏的事，因为在何处嫉妒纷争，就在何处有扰乱和各样的坏事(雅三10)，必须加以除掉(罗十二13；加五26)。争竞、嫉妒都是肉体情欲的事，不能承受神的国(加五19-21)。所以不可争竞、嫉妒(罗十三13)，不要贪图虚名，彼此惹气，互相嫉妒，若相咬相吞，只怕要彼此消灭了(加五15-26)。应当追求和睦，彼此同心，各人看别人比自己强(腓二3，四2)。
圣经也教训说不可论断毁谤，可是在教会里这类的事也常犯，有的人似乎专门挑弟兄眼中的刺，或者到处传别人短处，败坏人的名誉，甚至振振有词，发出所谓的义怒。其实，可能自己眼中有梁木，听信谣言，随夥毁谤邻里(诗十五3)。有的人似乎里面有一种批评毁谤的灵，就是喜欢到处打听消息，一听见别人有什么过错，就很高兴，并到处加以宣扬、散布。不但在弟兄姐妹个人之间，也在教会与教会之间，互相攻击、批评、论断、毁谤。这与主耶稣的教训和使徒的榜样相距太远了。“你们不可论断人，免得你们被论断，因为你们怎样论断人，也必怎样被论断。你们用什么量器量给人，也必用什么量器量给你们”(太七1-2)。“你是谁，竟敢论断别人的仆人呢。他或站住，或跌倒，自有他的主人在”(罗十四4、15)。“弟兄们，你不可再彼此批评，人若批评弟兄，论断弟兄，就是批评律法，论断律法设立律法和判断人的，只有一位，就是那能救人，也能灭人的。你是谁，竟敢论断别人呢?”(雅三11-12)在弟兄中散布纷争的人，是神所恨恶的(箴六19)。弟兄和睦同居是何等的善，何等的美。(诗一三三1)。
五、混乱错谬
地上有形的教会，能有许多不合神的心意，不讨主的喜悦和使圣灵担忧的事。圣经中对当时的教会曾加以指责，并对后世教会提出警告。有的是出于无知，有的是出于故犯，有的是受外部影响，有的是因为内部腐化，关系都很严重，不可忽视，因为一点酵面就能使全团发起来(林前五6；加五9)，恐怕有毒根生出来，扰乱，叫众人沾染污秽(来十二15)。所以对一切罪恶，污秽错误，混乱都当除掉和禁止，使教会更为纯洁，属灵，得胜，为主发光，蒙神喜悦。
愚昧无知是教会很大的损失，也常是错误，混乱的原因，保罗对各教会常加纠正，教训和责备。以弗所教会的一些信徒，由于只晓得约翰洗礼，以致没有受圣灵(徒十九1-7)。加拉太人由于对真理无知，以致受律法派的搅扰(加三1-5，四10、21，五12)。所以，有真知识和真知慧还是需要的(罗十2；诗一一九66；箴二7、10，三21，十三16；赛五六10；耶三15；何四6；玛二7；腓一9；西一9，三10；彼后一5，三18)。否则，不能明辩是非，不分真假是很不幸的。
教会中的混乱现象是不少的，有道理上的混乱，有道德上的混乱，有仪式上的混乱，有组织上的混乱，有名目上的混乱，有交往上的混乱，以及其他混乱的作法和情况。因着缺乏对圣经真理和教会正道无知，甚至有引进异教的讲说和作法，包括许多迷信成分，怪诞习俗，忌讳规条等。也有的在教会中，男女无别，随便接近，或者在金钱上，来源和使用不正，管理不善，不当，有欺诈，贪骗行为，又有任意不清组织团体，采用圣经名称，或自称为教会，其实不过是加以利用，以达到个人的野心目的而已。再有教会与世俗往来，交际，发生各种联络关系，进行各种非教会所应有的活动。更有的教会去经商，办工厂，营投机，赚利息，也可以说是教会如同当日的圣殿一样，成为作买卖的地方，成为贼窝了(太廿一12-1)。这是主所极其愤恨的事(约二14-17)。
值得注意和警惕的是有些“灵恩运动”，“宗教组织”，“修道学院”，以及其他各种派别和团体，虽然有名目很好，却制造了混乱和错谬，信徒误入歧途,使教会发生**争端。更有以“恢复当初”或“更高启示”等名义标新立异，似乎很有感力、新鲜、令人响往，跟从，而将教会带到谬妄的路上去，偏离真道，背弃正义(罗十六17-18；提前一3-6，六20-21)。属灵的骄傲是更为危险可怕，因为能自欺欺人。
有人明显违背圣经教训，“先知的灵，原是顺服先知的，神不是叫人混乱，乃是叫人安静。”(林前十四32；哈二20)。因此，在聚会中大声喊叫，用重复的语气声调不住地呼喊或祷告，激动人的情感，释放人的肉体，或者只用方言，不用悟性，造成被动，陷入盲从，这些都是不对的，错谬的。(王上十八26-28；林前十四15)教会以妇女为首居领导地位管理男人，也不合圣经(林前十一3，十四34；提前二11-12；启二20)
此外，还可能有各样混乱错谬的现象，在各地教会里发生。要紧的是使信徒在圣经真道上受造就，能在知识和各样见识上多而又多，使他们能分辨是非(腓一9-10)，并使生命增长，直等到我们从众人在真道上同归于一，认识神的儿子，得以长大成人，满有基督长成的身量，使我们不作小孩子，中了人的诡计和欺骗的法术，被一切异教之风摇动，飘来飘去(弗四13-14)。
六、凡火俗手
“亚伦的儿子拿答，亚比户，各拿自己的香炉，盛上火，加上香，在耶和华面前献上凡火，是耶和华没有吩咐他们的，就有火从耶和华面前出来，把他们践灭，他们就死在耶和华面前，于是摩西对亚伦说，这就是耶和华所说的，我在亲近我的人中，要显为圣，在众民面前，我要得荣耀”(利十1-3)。这段圣经所记载的事发生在祭司中间，事奉神的事上。他们所受的刑罚是那样严重，可见献凡火不是一件无关紧要的事。
献凡火是指着他们烧香的时候，不是取自祭炉上的火，祭炉上原有常燃不熄的火，那里是代表十字架的爱火，基督的奉献、牺牲、为人赎罪，为神所悦纳。这可以说明我们的祈祷或作工，不能用自己的方法和世俗的热情，必须因十字架主爱的激励(林后五14)，和神悦纳的灵火。他们献凡火可能因着骄傲放肆，情感冲动，或醉酒之后，自由行动。总之是神没有吩咐的，自己贸然去做，这在神面前是决不许可的，神威严的圣火将他们烧死。所以越是在属神的事上，越不可随便，越亲近神，越需要谨慎。凡在教会中事奉神的人，都不可作神所没有吩咐的事。就是献祭烧香也不能凭着自己的热情，受人的激动，或者图方便省事。为此，在教会中的一切事奉工作，都必须等候寻求明白神的指示，照神所吩咐的去行。
另一件事是大卫运约柜时，“从岗上亚比拿达的家里抬出来，放在新车上，亚比拿达的两个儿子，乌撒和亚希约赶着新车，到了拿良的禾场，因为牛失前蹄，乌撒就伸手，扶住神的约柜，神耶和华向乌撒发怒，因这错误击杀他，他就死在神的约柜旁边。”（撒上七2-7；代上十三10)“有人以为神太严厉了，乌撒是好意，为什么立刻叫他死呢?本来按神的规定，搬运约柜必须由利未人抬。”(出卅七2-5；代上十五2)，哥辖的子孙抬的时候，不可摸圣物，免得他们死亡(民四15)。所以这时他们将约柜放在车上用牛拉是大错了，牛失前蹄，乌撒用手去扶，更是违背神的吩咐。虽然是好意，犯错误也是不允许的，因为约柜代表神的同在和神的名，极其庄严和神圣，绝不可用人污秽和卑贱的手去扶摸，可能约柜在他们家中太长久，他们习以为常，不加尊重，就是出于善意，但违反神的规定也不行。
今天在教会中献凡火和用俗手是太多了，许多的热心奉献是人所鼓动的，许多工作方法是效法世界的，有的教会用募捐形式，叫人多出钱，有的搞娱乐活动吸引人，有的用呼喊形式来激动人心，有的用拉拢的手段来增加会友，真是五花八门，不一而足，这些人应当摆在神的面光之中，是能否经住神的灵火，能否显出神的荣耀，能否叫人肉体舒服，是否与世俗为友，都是应当慎重思考和分辨的。
有人要问:难道我们热心事奉神不对吗?看到神的名受亏损，我们不该维护吗?教会荒凉不该伸手修造吗?这些意念虽然很好，但是“耶和华说，我的意念，非同你们的意念，我的道路非同你们的道路。天怎样高过地，照样我的道路高过你们的道路，我的意念高过你们的意念。”(赛五五8-9)连主耶稣在世的时候都说，“子凭着自己不能做什么，惟有看见父所作的，子才能作，父所作的事，子照样作”(约五19)所以照着神的旨意行，永远是工人和教会工作的原则，绝不可凭自己的意思行。
七、以人为首
历代教会常陷入的严重错误和遭受的重大损失，是以人为首。不但罗马的天主教如此，更正的基督教也有同样情况。起初可能是一个神所使用的仆人，建立一处教会，或者是后来兴起的工人在教会中很被器重，渐渐的成为教会主脑，一切事工受他的管理，大权在握，受一般信徒的赞扬尊敬，给予特殊的名义尊称，他也自觉高人一等，受之无愧，使教会成为自己的势力范围，别人不能介入过问。这种情况是很违反圣经教训的，主耶稣曾对门徒讲论到法利赛人和文士“他们喜爱筵席上的首座，会堂里的高位，又喜爱人在街市上问他安，称呼他拉比，但你们不要受拉比的称呼，因为只有一位是你们的夫子，你们都是弟兄，也不要受师尊的称呼，因为只有一位是你们师尊，就是基督。你们中间谁为大，谁就作你们的用人。”(太廿三1、6-11)又一次对门徒说“外邦人有君王治理他们，那掌权的他们称为恩主，但你们不可这样，你们里头为大的，倒要象年幼的，为首的，倒要象服事人的。”(路廿二24-26)
所以神的工人在教会中为首，受人尊崇，自高掌权是不对的，虽然神的仆人应当有属灵的权柄，可以叫人尊重，但保罗说，他没有向人求荣耀(帖前二6)。他虽然作了福音的执事，却自认为比圣徒中最小的还小(弗三7-8)。彼得认为自己与别人的教会负责人是同作长老的(彼前五1)。约翰写信给七个教会说，“我约翰就是你们的弟兄，和你们在耶稣的患难、国度、忍耐里一同有份”。（启一9）他们的表现是何等的自卑、谦虚，和现在有些所谓神的仆人成为一种强烈的对比，有些神的工人称为作出口的，在教会中作拳舵的，他们的态度傲慢，口气狂妄，作风凌人，真令人望而生畏，啼笑皆非，只能令人敬而远之，为之叹息。那里有神仆的气味，使徒的脚踪，弟兄的态度？由于身居高位，自高自大，就容易落在魔鬼的网罗中（提前三7）。有的人犹如主教、教皇，作威作福；有的自以为独得神言，垄断真理，甚至以个人的经历来划教会的时代，以自己所得的“启示”来否定圣经的教训。以为别人只知道字句，自己最属灵，别人都是错的，惟独自己是对，似乎自己达到了高峰，所讲的比使徒们深奥。这和尊主为大，尊主为圣，万膝跪拜，万口称颂，让基督在凡事上居首位太不相同了（路一46；彼前三15；腓二9-11；西一18）。
教会以人为首，就是否认基督为首，这是非常可怕的，不但传道人，也有其他人在教会中喜欢为首，任意专权管事（约叁9-11）。好为首的没有好结果，不但自高的必降为卑（太廿三12），而且要落在魔鬼所受的刑罚里（提前三6；民十六31-33）。好为首的必自取灭亡，而盲目跟从的也有责任（徒五36-37）。那些飘飘在上的荆棘和拥护他的人都要被火烧灭（士九9-20）
可是也应当注意的就是神真正的仆人是神在教会所设立的，而不是自取为首的领袖，如旧约的摩西、约书亚、撒母耳和众先知及新约的使徒和工人们，他们是按神的旨意来工作，靠着圣灵来行事，是应当听从而不可任意反对、攻击和毁谤的。米利暗长了大麻疯，可拉叛党遭到毁灭，都是鉴戒（创九25、33；民十二1、7-10，十六1-3、31-33）。所以作首领的应当谦卑，要隐藏在十字架的底下，让主的血遮盖，免受撒但的攻击，作一般弟兄姐妹的应当对神忠心的仆人加以尊敬，不可随便攻击和毁谤，但对那些擅自为首，越过基督的人，则不能听从跟随。